迁都洛阳，只是孝文帝汉化计划的第一步。按照孝文帝的既定方案，接下来所要做的是循序渐进地推行汉化改革制度，待得时机成熟，便以正统皇朝的姿态去扫平尚未归附的南朝余孽，一统华夏。然而就在此时，南朝内部的政局发生了巨大的动荡，使得齐魏之间的一场大战提前到来。
齐武帝在永明十一年（公元493年）的北伐大计还没实施，他自己就一病不起。皇帝的后事摆上了台面，这时候的形势称得上是微妙之极。
为什么这样说呢？问题出在立储上。如果权力正常交班，那么接替皇位的就是三十六岁的太子萧长懋。总体来说，萧长懋还比较让齐武帝萧赜感到满意，他晚年着意培养太子，将很多尚书省的具体事务都交给萧长懋去处理，一方面观察他的处事能力，一方面也提高他的威望。不过萧长懋也有他的缺陷，与祖父、父亲的节俭截然相反，他崇尚奢靡，喜欢大兴土木，因为此事也挨过父亲的骂，后来虽有收敛，终究性情难改。可以想见，即便一切顺利，萧长懋做上皇帝，他也很可能只是一个平庸的皇帝，南齐的状况大约也好不到哪里去。
可惜老天爷连个机会都不给他，永明十一年新年刚过，萧长懋就得了重病，老爹还没死呢，他先死了。这下可就把储位给空出来了。
面对这种情况，萧赜非常为难。他有两种选择，一种是从其他的儿子中挑选德才兼备者立为太子；另一种就是按照立嫡长的原则，把萧长懋的嫡长子立为太孙，以为皇储。萧赜有二十三个儿子，真正有资格当太子的，其实只有嫡次子、竟陵王萧子良。
萧子良执政经验丰富，萧赜守湓口时，他就是得力助手，以后又在地方上做官。南齐建立后，他多次上疏陈述政见，虽然不是所有的见解都被皇帝采纳，但却深得宠爱。而且，萧子良把许多有才华的人都招揽到府中，探讨学术，颇得人心。萧长懋死后，很多人都认为萧子良是太子的不二人选。万万没有想到，萧赜偏偏青睐第二种选择，不立太子而立了年轻的太孙，萧长懋的嫡长子南郡王萧昭业成为皇位的接班人。
翻遍史书，我们很难找到萧赜做出如此选择的真实原因。惟有的两点可能性是，萧昭业人长得帅，《南齐书》说他“少美容止”，写得一手好字，谈吐不同寻常，祖父自然是疼爱有加，在南北朝那个容貌风度至上的年代，外表上的出类拔萃就是最大的优势，不要说做皇帝，就是做官也是相当重要的。另外呢，他也年轻，对于皇位的稳固性是有好处的。人算不抵天算，萧赜没料到，萧昭业是个典型的“绣花枕头烂稻草”，把江山交给他，可以说是既害了江山，又害了他。
立嫡、立长还是立贤，这从来就是让封建帝王头疼不已的大问题。晋武帝立嫡长，导致帝国分崩离析；刘宋也是遵循立嫡长的原则，结果每换一次皇帝都要经历一回大洗牌；拓跋焘武功盖世，因为立子还是立孙的问题没处理好，自己送了性命，还差点让帝国倒了台；后来梁武帝吸取教训，反其道而行之，太子去世后不立太孙，而改立别的儿子，还是躲不过厄运，碰上侯景之乱，帝国灭亡；明太祖朱元璋克定四方，也在这上头栽了跟斗，立皇太孙而使帝国陷入内战。唯一还算顺利的一次权力交接，似乎是元世祖与其继位者元成宗（两者为祖孙关系），可叹又是个外族政权，而且元朝的运祚也并不长。无数前人血泪的教训告诉我们，皇帝的家事，乃是天下第一难事，也是治乱相关的第一要事。
皇太孙刚立完，萧赜就不行了。病榻上的他反悔起来，可能又有了改立萧子良的一丝想法。他下诏让萧子良入殿侍药，萧子良以萧衍、范云两人为左右日夜，在殿内侍候（萧衍出场了啊）。
萧赜的犹豫不决对各方而言都是一种煎熬。起草遗诏的中书郎王融因为写得一手好文章，受到萧子良的赏识，有意拥立萧子良。他的做法是，乘着萧赜弥留之际，自己起草一份遗诏，写明将皇位传于萧子良。起草完毕，他穿上军装，站在中书省的门口拦截太孙东宫的卫队。
秘密不知怎地就让萧衍和范云知道了，政治敏感性极强的萧衍悄悄对范云说：“宫内要出大事，王融不是什么济世之才，我们只管坐视其败。”
范云说：“王中书是忧国忧民啊！”
萧衍嗤之以鼻：“忧国忧民？他是想做周公、召公呢，还是想做竖刁（齐桓公晚年的三奸之一，齐桓公死后导致齐国内乱）啊？”说得范云答不上来。
就在王融自以为计策成功的紧要关头，萧赜忽然苏醒了过来，随口问左右：“皇太孙在哪里？”王融的假诏书就拿不出手了，只好说萧昭业在殿外守候。萧赜便让太子带着东宫卫士入殿，然后也用不着王融写诏书了，直接当面授意，太子继承皇位。政事呢，则由他的堂弟（萧道成二哥萧道生之子）西昌侯萧鸾与萧子良共同辅佐。这又是一个让人始料不及的冷门，萧鸾本人在这背后究竟做了多少手脚，我们今天已不得而知。依我猜来，这很可能又是各派权力平衡的产物，并且是萧子良默许的。
萧昭业在这场戏上表现得很抢眼，他声泪俱下，感人心脾。萧赜紧紧抓着他的手，说道：“不必哭了，若是想念你爷爷，那就应该好好干！”
说罢，萧赜自以为放心地咽了气。王融还想做垂死挣扎，下令让萧子良的兵士守卫宫门。好不容易得掌大权的萧鸾岂会错过良机，他以先帝敕令的金字招牌一路畅通无阻的冲入大殿，扶立萧昭业即位，命左右将萧子良搀扶出去。大殿上群臣都被萧鸾的气势震住，没有一个敢发表不同意见。
于是，齐武帝遗诏中的两人辅政被萧鸾实际一执行，就成了一人辅政。萧子良做了太傅，竟没有什么实权可言。支持萧子良的王融不久就被下狱赐死，萧子良自己都是朝不保夕，哪里还敢出手相救。（由此也可看出萧子良的所谓有才，其实只是以为臣的角度而言。他要是继位，多半也是个懦弱之君，早晚会败在势如虎狼的叔父兄弟的手中）萧子良也“识相”，仅过一年，就在惶恐与担忧中病故，在乱世之中，这就是最好的下场。
萧昭业和萧鸾都乐于接受萧子良的死讯，下面就是他们两人的决斗了。
萧昭业基本上是刘劭、刘昱和刘子业的合成版（也不排除史官为抹黑废帝，参照以前的模板所生成的新版本暴君模板）。他与刘劭一样，招了个女巫玩巫蛊。比刘劭运气好，他的巫蛊行为没被发现，先是咒死了父亲，后又咒死了祖父，一年之内就完成了一个小王爷到皇帝的迅速转变。此人仪表堂堂，却全无良心。父亲死了，他给正室何妃的信中写一个大大的喜字，周围又画上三十六个喜字以作庆贺；祖父死了，他招呼宫中的乐师舞伎奏乐表演，得意得喜不自禁。
玩乐方面，他与刘昱一般无二，喜欢带着左右亲信四处游走，还喜欢跑到他父亲的坟地（！）里去玩赌博游戏。玩得爽，就赏，反正是国库的钱，用着不心疼。每次看着钱，他还要感叹一番：“从前想你的时候一个子儿都得不到，今天还不是用你没商量？”武帝留下的库钱上十亿万，也经不起萧昭业这么恣意挥霍，不到一年就消耗得差不多了。宫里的各种宝贝器物，更是被拿来又扔又摔的耍子，聊博千金一笑而已。
荒淫方面他远追刘骏、刘子业父子，与祖父宠幸过的霍妃私通，将她改换名姓，称为徐妃，重新纳入后宫。他的皇后何氏同样荒淫，萧昭业的亲信杨珉是小白脸，帅得掉渣，她就整日里与他厮混，甚至同床共枕。她伺候萧昭业的功夫也是一流，以至于萧昭业被她弄得服服帖帖，对她的淫乱行为也是睁一只眼闭一只眼。
萧鸾对于这一切是看在眼里，喜在心里。他早有意篡位，便拉拢萧昭业的亲信、同是宗室的萧谌和萧坦之，争取他们的支持。他先拿杨珉开刀，向萧昭业奏明情况，要诛杀杨珉。何皇后泪流满面央求：“杨郎年少英俊，又没罪，怎么可以枉杀！”萧昭业一脸愁容，身边的萧坦之早得了萧鸾的好处，耳语道：“外头都知道杨珉和皇后的私情了，事情都闹大了，怎么可以不杀？”萧昭业这才勉强同意。一会儿又反悔，怎奈脑袋已经搬家，于事无补了。
萧鸾继续施压，过了几天又要求诛杀萧昭业宠幸的太监徐龙驹，罪名是祸乱朝政。皇帝也没法子，人家是辅政啊，心中可是恨透了这个堂叔祖，暗中与中书令何胤密谋，准备除掉萧鸾。萧谌和萧坦之生怕祸及自身，想来想去觉得萧昭业没前途，彻底投靠了萧鸾。两边的流血冲突是不可避免的了。
隆昌元年（公元494年）七月，萧鸾在做通了政治思想工作后，先派萧谌入宫清理萧昭业的左右亲信，然后率领左仆射王晏、丹杨尹徐孝嗣、萧坦之等人入宫废君。
萧昭业正在内殿之中，闻听外面有变故，赶忙密令萧谌来救，同时将内殿房间全部关闭。才一会儿工夫，萧谌就带着兵士进了内殿，不过不是来救他的，而是来杀他的。萧昭业情知不妙，逃到徐妃的房中，拔剑刺脖子。手一哆嗦，没死成，冲进房中的萧谌立即制止，并给他包扎，命人抬出殿去。
侍卫们本想保卫皇帝，萧谌一摆手，说：“我的目标不是你们，你们不必动手！”再一看从殿中出来的萧昭业，面如土色，一句话都不说。侍卫们见此情景，便没了抵抗的斗志，眼睁睁地看着萧谌的左右将皇帝架走，引到殿外西头的夹道隐秘处。
萧昭业玩了不足一年，即被斩杀，其余宠妃也一同被杀。萧鸾假传太后手谕，废萧昭业为郁林王，迎立萧昭业的二弟、新安王萧昭文，改元延兴。
萧鸾凶残胜过萧昭业百倍，大权独揽仍不放心，几个月中又以谋反为罪名，连续诛杀齐高帝的七个儿子、齐武帝的五个儿子。才平静了十来年的南朝，仿佛一瞬间又回到了刘宋末年的自相残杀状态。杀戮告一段落，萧鸾认为威胁已除，便于同年十月废萧昭文为海陵王，自立为帝，改元建武，这就是与宋明帝一样凶残不“明”的齐明帝。齐明帝认定凭借杀戮可以维持自己的统治，殊不知如此残暴不仁不但给后世留下口实，也给了迁都南下的北魏一个征伐的借口。