北魏的军事行动在寿阳挫败之后，并没有善罢甘休。太和四年和五年（公元480年至481年），他们又改换进攻路线，连续发动了两次攻城战。在朐山（今江苏连云港锦屏山）攻防战中，拓跋嘉试图通过攻下这一海上的据点，从东面包抄建康。然而朐山的守军十分顽强，大破魏军。南齐水军又经由淮水从海路增援，魏军无奈，只得退兵。
在淮阳争夺战中，魏军同样没能在淮水流域的战场上捞到任何便宜，伤亡士兵有上万之多。垣崇祖率军渡过淮水，突击魏军，又杀了几千士兵。魏军在退兵途中攻灭了徐州一带拥兵起义的桓标之等人，掳掠了淮北的三万多百姓回到平城，才算勉强交差。（从这一事件中，我们其实也可以看出作为南北朝之间的缓冲区，淮北几乎成了三不管地带。北魏在行政上对淮北四州进行管辖，但由于这一地区传统上与南方更加密切的联系与纽带，以及多年战乱使这一地区基本成为荒芜之地，北魏的统治是十分松散，缺乏实际效果的。掳掠百姓以补充统治中心人口的不足，是北魏前期取得新的土地后所常用的一种手段，现在却用来对付淮北四州的军民，如此“打一枪就跑”的心态，正好印证了他们在心目中还没有实实在在把这些地区当作自己的国土；而淮北地区在同一时期发生的多次叛乱与起义，也从另一方面说明了淮北人民对于北魏这个新主人毫无认同可言。这样一种严重的隔阂，才是导致南北朝继续分裂对抗的根本原因，需要克服这个问题，也就要求北魏在某些方面做出根本性的变化，最关键的一点，就是迁都，我们放到后面再说。）
客观现实使北魏统治者不得不做出改变自我的决策。对于北魏政权而言，他们是幸运的，因为他们有一位汉人太后来指引他们改变的步伐；对于鲜卑人而言，他们又是不幸的，改变自我，同时也意味着丧失自我。
太和八年（公元484年），第一道摆上台面的改革令就是“俸禄制”。从前的小恩小惠，小赏小罚，都只是短期性的，没能革除北魏官员贪污受贿的风气。冯太后出面主持，颁布诏令，将班俸禄彻底制度化。具体举措是：“户增调帛三匹，谷二斛九斗，以为官司之禄；增调外帛二匹。禄行之后，赃满一匹者死。”
新制度说到底，就是增加百姓的赋税，用这部分收入来作为官员的俸禄。有了俸禄保底，你官员要是再被发现用各种名目收受赃款，就要严惩不殆。换句话说，以往官员利用职权对百姓三番两次征收的钱财，由政府一次性征收的赋税所取代。对于普通百姓来说，至少可以避免被各级官员无端盘剥搜刮，他们自然是以接受为主。然而对于官员情况就不同了，俸禄制一颁布，一个月中，赃款受到查处的一下就倒了一大片，包括孝文帝的舅舅、担任秦、益两州刺史的李洪之在内的四十多名官员，由于贪污数目超过了限额，被下令自裁或处死。
这下子那些贪婪成性的鲜卑官员可就坐不住了，皇上简直是用“白色恐怖”政策断了大伙的财路啊，怎么受得了？宗室之一的淮南王拓跋佗代表大家上奏，说还是恢复旧体制为好。冯太后明白拓跋佗背后的这股力量来势汹汹，专门召集群臣讨论。
中书监高闾上表驳道：“发放俸禄对于官员是最佳的保护措施，廉洁的官员会更加清白，而贪污的官员也有机会改过为善。如此措施要是被废止，那么贪官污吏会更加肆无忌惮地贪，清官廉吏却连自身维持生计都做不到。请太后想一下，淮南王这样的建议，岂不荒谬？”
高闾是一名政治上很有见地的汉族官员，北魏军队讨伐南齐时，他就提出了不同意见，预言战争必然徒劳无功，冯太后没有接受他的意见，事后也很后悔。关于俸禄制的这番言论又是颇具远见，冯太后对之表示赞许，下诏新制不变，继续大力推行。
随着俸禄制步入正轨，冯太后的下一项改革措施也很快跟进。第二年，即太和九年（公元485年），在给事中李安世的建议下，冯太后又颁布了“均田制”。
均田制又是怎么一回事呢？简单的说，就是北魏政府将境内的无主荒田重新分配，授予农民的措施。北魏初年由于战乱的影响，众多流民纷纷依附豪强大族，成为佃户。这些佃户虽然不用交纳赋税，但豪强对他们的强征暴敛丝毫都不比国家的赋税要少。这样一来，就形成了很多地无人去种，同时又有很多人失去土地的不合理局面。
均田制大致分为五条：第一条是关于土地分配的数量：十五岁以上的成年男子每人可以得到四十亩农田，女子则可获得二十亩，奴婢与普通人待遇相同；每拥有一头耕牛，可以另外得到三十亩农田，但是有上限，超过四头后就不再补给。各地配给的田地会有差别，有的土地肥沃，有的则贫瘠，怎么办呢？诏令规定，如果是两年才能耕种一次的田地，那么要多给一倍；如果是三年才能耕种一次的，则要多给两倍。以保证理论上的公平性。
第二条是关于土地分配的方式：只要达到纳税的年龄，就可以配给田地；年老或去世后，田地则自动归还国家；并且根据奴婢和耕牛的数量发生变化，政府相应地配给或收回田地。
第三条鼓励种植桑田：对于初次受田的男子，另外分配二十亩田，要求必须种植五十棵桑树。这类田地可以被后代继承，死后不用上交国家。
第四条是对于现有土地者的管理办法：根据户口标准，土地盈余的农民，既不配给新田，也不令他交还旧田；土地不足的农民，依照规定补齐；有盈余的农民，可以自由出售田地。
第五条针对地方官员的田地分配：地方官可以就近根据级别配给一份公田，卸任时要把该田转交给接任的官员；严禁买卖公田。
均田制在中央政府派遣到各地的使臣的督促下，得到了比较有效的实施，从而使大量佃户重新获得土地，国家控制了充足的税收资源，社会也趋向于稳定。还有一点尤其值得注意，均田制的对象不仅仅针对汉人，胡人只要符合条件，也同样可以获得土地，客观上进一步促进了整个北魏社会的农耕化。这一制度在北朝的齐、周、隋等朝被沿袭采用，并不断改进，直到唐代中后期，由于土地兼并的日益严重才被废除。单单这一点，就足以让决策者冯太后名垂史册。
一年后的太和十年，第三项制度也出台了。这一次是由冯太后的宠臣、内秘书令李冲发起的改革地方组织的“三长制”。
所谓“三长”，就是指五家为一邻，五邻为一里、五里为一党，分别选择能力强、德行高的乡人担任长官，称为邻长、里长、党长。各长负责在自己的管辖范围内检查户口、征收赋役。这实际上是脱胎于汉人政权的乡党制度。我们在《纵横十六国》里也提过，十六国时期的北方豪强聚众自守，设立“坞壁”这类独特的社会单位（陈寅恪先生曾作考证，认为陶渊明《桃花源记》中的“桃花源”影射的就是“坞壁”）。北魏的行政管理简单化，直接任命坞主为宗主，建立“宗主都护制”。结果呢，人们都在宗主的庇护下隐匿户口，以逃避赋役，严重的地方，居然出现了一户里头有三五十家的情况，这个户口就失去了真正的意义了。
有了三长制，北魏的基层组织就有了制度性的保障。与俸禄制一样，三长制的颁布也遇到了莫大的阻力，李冲上奏后，冯太后向百官一公布，满朝文武可就炸开锅了。
秘书令高祐、中书令郑羲的观点是三长制看起来很有用，其实难以推行。郑羲补充说：“如若不信，不妨试行；失败之后，就知道臣等所言不假了！”
太尉拓跋丕赞成施行，认为此法若行，国家与个人都可受益。
著作郎傅思益坚持守旧，说：“民俗已久，一旦改法，恐怕会滋生祸乱！”
多数大臣处于两方之间，认为时值农忙，新旧制度难以衔接，不如缓行，等到秋收之后再颁布。
李冲很不以为然，对一干大臣说：“新制度若不凑准时间，大家得不到好处，肯定会有怨言；眼下改制，正好让老百姓立即享受到实惠，认识到改制的目的。”
冯太后最终力排众意，采纳李冲的意见，果断迅速地向全民推动三长制度。不出半年，各地户口数就大量增加，豪强们不高兴了。冯太后又下令降低赋税，这可让大家开了心，反对的声音也越来越小了。
连续三年的三大制度，成为冯太后政治生涯中最值得一书的一笔。经过一系列改革，北魏的改制逐渐驶入了一条半自觉的轨道。冯太后与刚刚成长起来的孝文帝拓跋宏，又将面临什么新的问题呢？