宋明帝刘彧即位后随之而起的刘子勋之乱，表面看是一场叔侄之争。也就是说，刘子业被杀后，刘宋群臣围绕着应由孝武帝一系的皇子即帝位，还是由文帝一系的皇子即帝位的问题，分为了两大对抗势力。拥护前者的势力认为，刘子业虽被废，刘骏的帝统仍然合法，应该拥立他的儿子；拥护后者的势力则认为，刘子业的荒淫无道，其根源出在同样荒淫的刘骏身上，所谓“孝武之行，足致余殃”（垣荣祖语），拥立刘彧，方能稳定局势。这种貌似帝统和道统的争执，实质上体现的是宋文帝死后刘宋上下道德观与价值观的沦丧，国人离心离德、各怀鬼胎，政权崩溃只是时间的早晚而已。
前文说过，刘子勋手下的长史邓琬认准了他这个“三”皇子，以为必成大事，不甘心接受朝廷方面授给刘子勋的车骑将军的头衔。他借刘子勋的名义，传檄建康，指责刘彧窃夺帝位，与各方共同兴兵讨伐。
泰始二年（公元466年）正月，邓琬等人假称太皇太后（就是刘骏之母路太后）密诏，拥刘子勋在寻阳称帝，改元义嘉。
支持刘子勋的一方实力雄厚，声势浩大。安陆王刘子绥、寻阳王刘子房、临海王刘子顼这些弟弟自不必提，各方镇将如徐州刺史薛安都、冀州刺史崔道固、青州刺史沈文秀等纷纷起兵响应。接着，益州、湘州、广州、梁州等地也都归附了刘子勋，部队向寻阳集结。朝廷方面所能保持的地盘，只剩下建康周围的丹阳、淮南等数郡。
刘彧比他的哥哥刘骏要强些，至少表现得临危不乱。蔡兴宗向他进言：“如今普天同叛，人有异志。我们应该向反叛者留在京城的亲属宣扬‘罪不相及’的政策，抚恤人情，如此必能克敌制胜。”刘彧赞同，对于亲戚已经归附刘子勋的将士均不问罪，职务照旧。他下令内外戒严，任命司徒建安王刘休仁都督征讨诸军事，车骑将军、江州刺史王玄谟为副手，进军南州（今安徽当涂一带）；又召兖州刺史殷孝祖入朝，进位抚军将军，都督前锋诸军事，以沈庆之的侄子沈攸之为寻阳太守，前锋军兵屯虎槛（今安徽芜湖西南）。
准备停当，刘彧开始发兵扫除外围势力，命巴陵王刘休若督统建威将军沈怀明、尚书张永、辅国将军萧道成等各军东讨归附刘子勋的会稽郡事孔觊。
东面的叛军并不好对付，刘休若的军队碰上了数十年不遇的大风雪，几乎丧失斗志。刘休若严令言退者斩，才稍稍安定住军心。
刘彧明白若不消灭东面会稽一带的后顾之忧，就难以放手与西南寻阳的刘子勋一搏。殿中御史吴喜本是吴兴（今浙江湖州）人，他追随沈庆之多年、颇立战功，这时主动请命，要求声援刘休若的东路军。刘彧大喜，任命他为建武将军，组成一支屡经军旅的精兵，并配备羽林军中的勇士，向东进发。
果然还是前朝的精兵好用。吴喜一路高歌猛进，势如破竹，迅速攻克了义兴（今江苏宜兴）、吴兴、钱塘、西陵（今浙江萧山西），直奔会稽而来。会稽城里一片大乱，上虞县令王晏乘机起兵攻打会稽，孔觊兵败被杀，寻阳王刘子房被执送建康。吴喜不到一个月就平定了会稽的叛乱，扭转了朝廷军的颓势。
刘子勋那边号称十几万大军，却不知道把握战机。邓琬身为起事的主力成员，实际上只是个惟恐天下不乱，想大发国难财的庸碌之徒。他掌握了军政大权后，就与他的儿子一起在寻阳做卖官鬻爵的勾当，日夜酒宴歌舞、玩乐不止，亲信也是仗势欺人，横行霸道。上梁不正则下梁歪，这还如何能指望军队能打好仗、打胜仗呢？
邓琬见东路的会稽军这么快就被朝廷扑灭，忙派遣巴东、建平太守孙冲之率领一万兵为前锋，据守赭圻（今安徽繁昌西北）。孙冲之建议以大军水路兼行，直取建康。于是刘子勋以孙冲之为左卫将军，录事参军陶亮为右卫将军，统领郢、荆、湘、梁、雍五州兵士两万人，一齐向下游开去。然而这陶亮是个无才无谋之人，他见刘休仁与殷孝祖、沈攸之的大军出动，就不敢往前，只把军队驻留在长江上的鹊洲（今安徽铜陵、繁昌之间）。
殷孝祖率军进逼赭圻，与陶亮的军队相遇。殷孝祖打仗很勇猛，每次上阵都身先士卒，不顾性命，而且还喜欢打出自己的旗号，结果在遭遇战中中流矢身亡，所属军队投降了叛军。朝廷军先败了一阵。
殷孝祖生前对手下将士不够信任，很多人都不愿跟着他拼命，这也是导致他阵亡的一个小原因；沈攸之正相反，懂得体恤军情，上下关系搞得很好。殷孝祖死后，他率众推举位秩高于他的宁朔将军江方兴为统领，恰到时宜地稳定住了军心，朝廷军因祸得福，士气不降反升。
江方兴率领诸将进击，与刘休仁的军队会战大破陶亮的军队，孙冲之在附近筑的两座城垒，也被攻拔。陶亮急召孙冲之退军鹊尾（今安徽庐江境内），留龙骧将军薛常宝守赭圻，自己则率领大军，及其他各营部众，共保浓湖（今安徽繁昌西）。刘子勋的军队全面转入守势。
邓琬并不轻易认输，他又调遣豫州刺史刘胡，率领步兵三万，铁骑两千，前去增援，总计十几万军队驻扎在鹊尾。
刘休仁的军队也有十万之众。他对将士相当不错，抚恤部下，吊死问伤，使得朝廷军一直保持着高昂的士气。沈攸之率领诸军进攻赭圻时，人人都浴血奋战，不仅大败刘胡派来的运粮军，还乘势攻破了赭圻城。
不过这时在鹊尾的叛军数量仍然相当之众。邓琬见两军对峙已久，毫无进展，又命尚书左仆射袁觊统领征讨诸军事，率领雍州（即襄阳）的军队，以楼船千艘、兵士两万，顺江东下，前往鹊尾增援。
袁觊在刘骏朝中做的是侍中，哪里懂得打仗。他到了军中，不穿军装，不提战事，也不给将士们做思想工作，谈的话题全是些诗赋文章等无关大旨的东西。刘胡等人向袁觊借取襄阳方面的军资，他又说：“我家里还有两座宅院没造好，正需要资金呢！”又是一个想发国难财的家伙，众将对他大失所望。袁觊听闻传言“建康米贵，斗至数百”，认为不需要用兵，朝廷军自会不战而溃，只待在原地消耗军粮。
朝廷军方面很快有了行动，刘休仁听从龙骧将军张兴世的建议，派他选七千战士、两百艘快艇，寻找机会占据叛军主力的上游地区。
张兴世的船队并不急进，他每天率众船溯流而上走一小段，眼看刘胡要出兵的时候，马上又退了回去，反反复复好多天。刘胡感到可笑，说：“我都不敢绕行直取京城，张兴世算什么东西，还想轻松地跑到我上游去么？”不再认真防备。
一天深夜，时值四更，江上刮起了东北风，张兴世突然下令扬起船帆，出船向上游冲去，迅速通过了鹊尾。刘胡发觉时，已经晚了一拍，立即派遣部将胡灵秀带着军队沿东岸追赶，监视张兴世的动向。
次日傍晚，张兴世行到景江浦停留扎营，胡灵秀也就地扎营观察虚实，同时等待刘胡的后继军队。不想这又是张兴世的障眼法，他乘着夜色，秘密派部将黄道标率领七十艘快艇直趋上游的钱溪（今安徽贵池东），布置营寨。
胡灵秀在东岸等了一天，正纳闷对方没动静呢，张兴世就拔营疾进，扑向扎营完毕的钱溪水寨。胡灵秀这才发现上了大当，再要阻拦可来不及了。
刘胡得知钱溪被占，便亲率大军围攻。张兴世以逸待劳，看准敌军转入港湾的时机，以数百精兵击败了刘胡的军队。而此时下游的沈攸之、吴喜等人也开始进攻浓湖的袁觊，为张兴世分忧。
刘胡派人沿岸向下游喊话，说：“钱溪已经被打下来啦！”沈攸之笑着对左右道：“不用怕，这是刘胡在使诈。如果钱溪真的丢了，我们的七千将士里至少会有人逃回来报信的；必是他们打了败仗，想扰乱我们的军心呢。”继而上游的捷报传来，军心振奋，袁觊等人则惊恐不已。
由于张兴世截断了上游的水路，邓琬的军粮再也无法抵达浓湖，叛军终于丧失斗志，出现了内讧。刘胡与袁觊先后弃营西逃，于途中被杀。袁觊留下的十万士兵全部向刘休仁投降。
寻阳城里的邓琬享受了几个月的荣华富贵，就这么到头了。他的吏部尚书张悦与左右一合计，把他骗到帐中，砍下人头，向朝廷请降。沈攸之的军队进入寻阳城，斩杀了年仅十一岁的晋安王刘子勋。其余拥戴刘子勋的亲王一律赐死。
刘骏的儿子还剩下十个，有些还只有几岁。为免除后患，刘彧接受了刘休仁的谏言，将他们赐死，相关的亲信同党全部斩首。不知道这算是第几起对内大屠杀了。
南方基本安定下来了，离建康较远的州郡原本都支持刘子勋，现在只好派使者向皇帝投降。驻守在淮北的薛安都、崔道固、沈文秀等人，由于要防御北魏的威胁，实力都不弱。对于他们的请降，刘彧合适的做法应该是，赦罪安抚。可刘彧以为自己的军队无往不克，执意要向淮北诸镇示威，他派遣张永和沈攸之率领重兵北上，迎降薛安都。
薛安都正在犹豫不绝，见朝廷派大队人马来他的徐州，只好一咬牙，向北魏献质子投降。北魏方面当然是热烈欢迎，派出镇东大将军尉元等以一万骑兵从东路救援彭城，又派镇西大将军拓跋石等从西路救援悬瓠。
彭城就这么被魏军占领了。张永、沈攸之的军队不但没能对彭城形成任何打击，反而遇到了尉元与薛安都骑兵的前后夹击，全军覆没，两名将领只身逃回南方。刚刚在内战中打了胜仗的宋军便在外战中遭受了沉痛的惨败。
彭城既失，北面的青州、冀州、兖州、徐州也就守不住了，纷纷归降北魏。宋文帝三次北伐争夺了数十年的北方边境，因为宋国自身的内乱，就这么一退千里。刘宋的淮北国土全部丧失，南北朝也进入了划淮而治的新时期。不论是南方还是北方，都将面临全新的考验。