拓跋焘统领的北魏骑兵马不停蹄地开进关中，眼前有两条道可以走：一条北道，沿着渭水北面前行，距离盖吴的大营只有六十里的路程；另一条南道，渡过渭水西行，然后再转正北，也可到达盖吴大营。
拓跋焘向崔浩问计：“盖吴在长安城以北九十里处，渭北一带没有城池，渺无人烟，缺少粮草，不利于行军。朕的意思嘛，不如渡过渭水，走渭南，爱卿以为如何？”
崔浩答道：“盖吴的军队离此处并不远。所谓击蛇之法，其要领是打破蛇头，头一破尾还怎么动？依微臣之见，应当走北道，乘我军势头正盛，先袭击盖吴。大军前往只需一天时间，到了他的大营，必能获胜。然后大军再回长安，也只要一天就到了。一天的时间，损失可以忽略不计。如若走南道，盖吴的军队就有足够的时间进入渭北山区，那就没那么容易消灭了。”
或许是担心发生意外，这次拓跋焘没有听从崔浩的意见，他下令大军沿渭水南岸向西进发。不出崔浩所料，军队刚到达戏水（今陕西临潼东北），便惊动了北面的盖吴，义军散入山岭之中，魏军无法采取行动进攻。拓跋焘大为懊悔，只得领军先进长安。
魏军到达长安后，便在城中驻军，以作休整。长安城的佛寺遍地皆是，魏军的一些将官便入佛寺游逛。僧人们不敢怠慢，请他们到寺庙里喝酒。僧人本该谨守戒律，并且不拜俗，即所谓“不拜父母，不拜帝王”。长安的僧人与官宦贵族接触很多，献殷勤成了习惯，哪料到这下子可惹来了灭顶之灾！
将官们来到僧人的住所，竟意外发现那里堆放着弓箭刀枪、盔甲盾牌等物件。佛门净地怎么会有这些东西呢？他们心中狐疑，回来后就到拓跋焘面前去报告，拓跋焘听说后，勃然大怒道：“这些东西非佛门之用，他们必是私下勾结盖吴，想要做乱！”他当即命令有司捉拿相关人员，并且抄检佛寺的财产。皇帝就在长安城，底下的人自然是尽心尽力执行任务，查抄行动迅速彻底，结果也颇为惊人：佛寺中不仅私藏了武器，还藏有许多酿酒的器具，以及附近州郡的牧守和富人寄存的财物，数以万计；更让人瞠目结舌的是，僧人的住处还搜出了好多间密室，里面藏匿了年轻的妇女，供僧人淫乐。
这还了得，佛寺成了藏污纳垢的场所，这佛教可是大大的坏了。拓跋焘颁布法令，宣布佛教为邪教，焚毁所有的佛像和佛经，凡是涉及藏匿武器或奸淫妇女的僧人，一律活埋，其余僧人则罚为奴隶。不仅长安一地实行法令，拓跋焘又传诏到国都平城，命留守的太子拓跋晃在各地依样行事，禁止佛教的传播。佛教来到中国以后从未遭遇过如此大规模的破坏，一时间，各地佛寺被夷为平地，大量佛经也消逝在烈火之中，僧人们更是流离失所，死的死，逃的逃，惨状为数百年来所罕见。这便是中国历史上著名的“三武一宗”灭佛事件的第一桩：太武灭佛。
拓跋焘的灭佛令反响之大，影响之深，他本人即便有过心理准备，怕也不能完全预料。佛教自东汉初年来到中原地区，已有近四百年历史。十六国时期的几个大国，比如后赵、前秦、后秦等，其君主与贵族都十分崇尚佛教，后秦更是奉佛教为国教，其统治中心地处西域与中原的交通要冲，佛教交流频繁，佛事盛极一时。北魏的鲜卑贵族地处代北，离西域极远，按理说是不可能接触到佛教的，更不可能去信仰。可是拓跋珪在进入关东地区的过程中，除了认识到中原的本土宗教道教外，也不断在各地遇到佛寺和僧人。鲜卑统治者对于这个外来的宗教，由一无所知，到渐生好奇，久而久之，认为佛教对于平定天下很有帮助。经过三代时间，到拓跋焘时，鲜卑贵族基本上都信奉佛教。
拓跋焘在即位之初并不排斥佛教，他也喜欢与德高望重的僧侣交谈，探讨一些与统治有关的问题。然而佛教势力发展过于迅猛，佛教徒人口增加，拓跋焘在军事战争中日益感到人力的缺乏；另外佛教进入中原后也吸收了谶纬学说，搞一些神秘理论，妨害到了皇帝的权威。
拓跋焘对于佛教的印象，由好变坏，还有两个人起了很关键的作用。一个就是崔浩，他笃信道教，对于佛教的学说很厌恶，常常在拓跋焘面前诋毁佛教，说佛教虚妄之极，危害世人，应当取缔。另一个人是寇谦之，此人也是道教徒，却吸取了佛教的思想和理论，建立了一套新的学说，并将其整理成经书，献给拓跋焘，宣称这是神仙所授。拓跋焘很是推崇，他的新年号“太平真君”，便来自寇谦之经书中的一句话：“辅佐北方太平真君”，可以说是将道教定为了唯一的国教。
拓跋焘渐渐疏远佛教，太延四年（公元438年）他就曾下诏，命五十岁以下的僧侣全部还俗，以便能够征役讨伐北凉；为防止僧人寄生民间，太平真君五年（公元444年）他发出禁令，上至王公，下至普通百姓，一律不得私自豢养僧侣以及巫师，有这些情况的，限期遣送官府，过期不送，一经查实，僧侣处死，主人灭门。
从这一系列的政令中可见，拓跋焘在长安所发的灭佛令并非突如其来，而是北方佛道两教之争的一个必然结果。
长安的政令对于北魏境内佛教势力的打击几乎是毁灭性的，不过执行的过程中也不是毫无阻碍。鲜卑上层人士多信奉佛教，他们以太子拓跋晃为首，尽力维护佛教的利益。拓跋晃虽下令焚毁了大量寺庙佛塔，却也有意放缓了执行法令的时间，暗中保护一些僧侣逃脱性命，并收藏了一些经文和佛像。太子与拓跋焘在宗教问题上认识的差异成为几年后的宫廷变乱的诱因之一。
佛教遭殃，人心惶惶。拓跋焘继续巡视关中地区，大军经过长安、盩厔（今陕西周至东）、陈仓（今陕西宝鸡东）、雍城（今陕西凤翔东南），每到一个地方，就大肆收捕杀害与盖吴有关联的汉、氐、羌、屠各等各族叛民。接着，魏将乙拔率军在卢水胡的大本营杏城大破盖吴军，盖吴的军队溃散。拓跋焘满意于战事，从关中选了一批能工巧匠，就回驾平城。
尽管如此，关中陇西地区的叛乱依然此起彼伏，没有停息。不久，盖吴重新在杏城聚集了兵马，自称秦地王，召回了一些躲在山林中的旧部，重振旗鼓。这次拓跋焘采取了两面夹击的策略，一方面派永昌王拓跋仁和高凉王拓跋那统领长安以北的军队南击盖吴，另一方面从关东的定、冀、相三州（今河北南部地区）发动两万士兵，驻扎在长安南山的谷地中，防止盖吴逃逸。面对一个小小的盖吴，北魏的军队围追堵截，无所不用其极。
盖吴很快败于拓跋那的军队之手，他只身逃匿，其二叔则被活捉。众将建议把盖吴的叔叔送到平城邀功，唯有长安的镇将陆俟提出不同意见。
陆俟认为：“长安险固，民风膘悍，盖吴一日不除，长安就一日不得安宁。如今盖吴潜逃，如果不依靠他亲信之人，谁能捉住他？不如收买他的叔叔，许诺对他和他的家人免罪，放他去追盖吴，必有收获。”
众将不以为然地说：“贼党已散，只剩盖吴一个，能逃到哪里去？”
陆俟道：“各位没见过毒蛇么？不斩断其首，他就还会作乱（与崔浩的想法真是“英雄所见略同”）。盖吴生性狡诈，若能逃脱，其称王造反之心就不会死，那样只会更加危害社会。各位放心，如若放了他的叔叔而不回来，我自当承担罪责！”
拓跋那赞同陆俟的计策，便放了盖叔叔，与他约定时间捉拿盖吴。过了一段时间，这位叔叔果然提着盖吴的脑袋来到魏军营中，陆俟的深谋远虑也得到了众人的交口称赞。拓跋仁的军队又讨灭盖吴的余党白广平、路那罗等军队，盖吴领导的大起义在北魏的连番军事行动与高压统治政策之下，被彻底平息，前后坚持时间将近一年。