三年之内，刘裕扫平南燕、剿灭卢循，前一项是计划之中，后一项是意料之外。无论如何，功劳都是跑不掉的了，他被东晋朝廷封为太尉、中书监，刘穆之则做了他的太尉司马。刘穆之不仅把太尉府上上下下的事情料理得井井有条，还向刘裕举荐了孟昶手下的参军谢晦。谢晦是谢安的哥哥谢据的曾孙，此人处事断狱很有一套，又仪表堂堂，雅量高志，博学多闻，刘裕对他十分欣赏，任命他做自己的参军。
刘裕大权在手，颁布了一系列的规章制度，经历了桓玄、孙恩、卢循等人蹂躏后人民流离失所的江南地区逐渐恢复了面貌，权门兼并的现象也有所收敛。
当年一同起兵倒桓的三人组中，何无忌已死，只剩下了刘裕和刘毅两人。换而言之，对于刘裕的权力构成最大威胁的，仅有刘毅一人而已。刘毅的确对权倾朝野的刘裕相当不满，他与刘裕不同，虽说当年同是赌徒出身，但好歹读过不少书，文才也不错，归附他的清望之士不在少数。因此他性情刚愎，一向不认为刘裕比他强多少。桑落洲一战惨败于卢循、徐道覆联军，他几乎输掉了全部家当，刘裕虽然一直反对他单独进兵，却也并不加罪于他，让他官复原职。刘毅觉得自己打了败仗，难以服众，主动要求降职为卫将军，不过依旧保留了豫州刺史之职。
义熙八年（公元412年），刘裕的弟弟、荆州刺史刘道规称病还乡，这给了刘裕一次重新洗牌，对付刘毅的契机。他以朝廷的名义，任命刘毅为卫将军，都督荆、宁、秦、雍四州诸军事，并转为荆州刺史，而把豫州刺史的头衔给了自己。刘裕的这一招，看起来是给刘毅升了官，并把长江中上游的兵权在名义上交给了他，实际上呢，却不是一般的精明。刘裕了解刘毅赌博的习惯，他下赌注的数额从来都是超乎想象，这样敢于冒险、出奇的人，其野心是不会小的，其胃口也是不容易满足的；刘裕也知道刘毅十分骄纵，他曾经说过：“可恨我没能赶上刘邦、项羽的年代，无法与他们争夺中原！”对于这样的人，无论把他放在什么位置上，他都不会甘于人下，而会暗暗用劲，积蓄夺权的力量。他在豫州，离京城太近，反而会出于安全性的考虑，不充分施展手脚，而注重行动的隐蔽性。既然如此，不如“欲擒故纵”，先把他放到西边去，给他扩充实力的空间，任他原形毕露，到时再乘隙讨伐他，就可以师出有名了。
果不其然，刘毅还没去荆州呢，就想进一步拉拢刘牢之之子、左卫将军刘敬宣（刘敬宣在刘牢之死后逃往南燕避祸；桓玄被刘裕等人打败后，他又和司马休之等人从南燕回到了建康）。刘毅对他说：“我到荆州就职，打算对阁下委以重任，不知阁下是否有辅佐之意？”刘敬宣听闻此言，冷汗直冒——刘毅这语气，分明是想造反呀！他只好支支吾吾应承了一下，回头跑到刘裕那里，把刘毅的话一五一十地告诉了刘裕，没想到刘裕竟然笑着答道：“老兄只管放宽心，不用多虑嘛。”（刘裕这话不知是否传到刘毅耳中，想必是属于私人谈话了，以刘毅对刘裕的了解，如果听到刘裕这么说，估计晚上也不可能睡安稳觉了。“卧榻之侧，岂容他人鼾睡”，刘裕、刘毅这样级别的政治人物都是明白得很的，只有傻子才会以为刘裕毫无防备，敢说这样的话，可见他成竹在胸。若说消灭桓玄时的刘裕还只是枭雄的话，那么此时的刘裕就已经开始走奸雄的路线了）
沉不住气的人首先露出气门，刘毅上表说荆州在桓玄之乱后户口数量急剧下降，兵器也少，要想组建军队不太容易，要求再都督交、广两州，刘裕同意。刘毅继而要求任命亲信郗僧施为南蛮校尉、后军司马，毛修之为南郡太守，刘裕照旧同意。
刘裕身边的宁远将军胡藩就没那么有政治头脑，自以为是地提醒刘裕说：“刘公以为刘毅是个愿意一直听您话的人么？”
刘裕默然不语，半天才反问道：“你觉得呢？”（心里肯定在笑：“胡藩你还真是傻啊，你都能看出来的问题，你以为我看不出来么，把话都说明白了，就没意思了！”）
胡藩说：“能以百万之众，攻城拔寨，每战必克，这一点刘毅当然是不得不服您的。然而刘毅涉猎传记，谈文咏诗，自以为是个英雄人物，所以有那么多名流士人去投靠他。恐怕他终究是个不愿为人下的人，不如乘会见他的时候把他抓起来。”
刘裕继续露奸脸，摆摆手说：“不行不行，我和刘毅都有灭桓复国的功劳，他又没什么明显的过错，不可以自相残杀的。”
刘毅抵达江陵，重新调整当地的官员，换上自己的亲信，并收编了一批江州兵，大约一万多人，故意留在手中不遣返。他又以自己染病为由，向朝廷上书，要求把从弟刘藩从广陵调来作副手，刘裕又一次假意答应，暗中开始行动。刘藩进京受职，刘裕便以诏书的名义，指责刘毅图谋不轨，反叛之心日久，刘藩、尚书左仆射谢混等人便是同党，不可宽恕。刘藩和谢混半个“反”字还没说呢，就被刘裕先下手赐死。
刘裕的动作极为迅速，他亲自率军从建康出发，溯江而上，讨伐刘毅。参军王镇恶提出自领一百艘快船为先锋。刘裕采纳了他的建议，在大军到达姑孰后，以王镇恶为振武将军，与龙骧将军蒯恩指挥一百艘快船先行。临行前，刘裕对王镇恶面授机宜：“如若敌人知道我要来，不妨等大军到，也不过数日而已。若要对战，应该下船上岸。你到了那边，必须仔细考察形势，如果打得过，就进攻，不然的话，就把船舰烧了，在水边留些快艇，等我大军开到。还有，一定要多方慰劳百姓，宣传诏书的旨意：罪责只是针对刘毅一人的，其余人等一概赦免不问罪。假若敌人不知道我方进军的消息，不作防备，也可以考虑突袭。一路上行军，就说是兖州刺史刘藩的船只。”
先锋船队以刘藩的名义昼夜兼程，西上荆州。刘毅及其部下都信以为真，没有作任何抵抗。不到一个月，王镇恶等人就抵达了豫章口（今湖北江陵东南），距离江陵城仅二十里。王镇恶见刘毅毫无防备，便弃船步行进军，蒯恩的军队在前，王镇恶的军队紧随其后。每条快船都留一两个人，并在船上俺边竖旗安鼓，吩咐驻留的人等到先锋军队快要到江陵城时，便击鼓呐喊，显出后有大军的模样；又派一支小分队，暗中烧毁刘毅停在江津（今湖北沙市东南）的船舰，断其退路。
仍然没有路人对这支先锋部队有所怀疑，都以为是刘藩来赴任呢。离城不到五六里了，迎面来了十来个骑兵，数十个步兵，为首之人是刘毅的大将朱显之。朱显之是奉刘毅的命令，要去江津执行任务，他见蒯恩、王镇恶的装束颇为奇怪，便问道：“来者何人？”王镇恶照例答道：“刘兖州来了！”朱显之又问：“那刘兖州本人在哪里呢？”答道：“在后面还没上来。”朱显之心中生疑，放眼远眺，忽见江津方向火光冲天，鼓声大作，这才明白来的不是刘藩，赶忙转回城去，向刘毅报告：“大事不好了，外面有大军，似乎是从下游上来的，几乎就要进城了，江津的船都被火烧了。”
刘毅闻讯大惊，紧急下令关闭各城门，可惜晚了一步，蒯恩、王镇恶率领部下从外城东门突入，立即分兵攻打内城的东门和西门，王镇恶又分出兵力攻打南门，两军混战，从早上达到打到下午，城里的几千守兵基本上走的走，降的降。王镇恶杀入内城，因风放火，烧了外城的东、南二门。
王镇恶派人把诏书和赦文送给刘毅，刘毅看也没看，给烧了，继续与司马毛修之指挥士兵全力一战。双方在内城中展开肉搏战，这些士兵中有不少都是当初北府旧将，相互间熟悉得很，王镇恶让部下一边打一边做宣传，告诉刘毅的士兵，刘裕本人就在后头。这一着果然奏效，王镇恶的军队很快占了上风。此时已近半夜，王镇恶担心深夜里士兵自相残杀，便率军包围内城，而打开南门，引诱刘毅出逃。刘毅害怕南门有埋伏，带了剩下三百多个人向北杀出一条血路，最后从外城的东门逃了出来。他逃到离城二十里的一座佛寺中，寺里的和尚却不敢收容他，穷途末路、万般无奈之下，他自缢而死。
江陵一战出奇出巧，可算得上是个典型的攻城战例。此战消灭了刘毅的势力，也奠定了王镇恶的刘裕手下第一大将的地位。事实上，王镇恶等人的先锋部队夺下江陵后二十天，刘裕的大部队才到达，王镇恶的作用是，以最快最便捷的方式打赢了这场战争。王镇恶不是别人，正是前秦名相王猛之孙，其带兵指挥的才能，丝毫不逊色于当年他祖父在灭燕之战中的表现。