清河王拓跋绍残忍地杀死了父亲，但他毕竟是个十几岁的孩子，未免有些忙乱。按照鲜卑人的传统习俗，一个部落的首领是通过“兄终弟及”的方式来传承的，但是拓跋珪更中意于汉人的继位制度，这才安排了长子拓跋嗣做自己的太子（据说拓跋珪立拓跋嗣另有一个原因，那就是他十分喜爱拓跋嗣的长子、日后成为魏太武帝的拓跋焘，希望他将来能继承皇位，成就魏国统一天下的大业）。当时朝中元老重臣有多少人会支持自己，人心向背到底如何，拓跋绍的内心是毫无把握的。他与左右随从一商量，决定冒险做一次试探。
第二天，皇宫的大门直到中午还没有打开。拓跋绍假传圣旨，命文武百官在宫殿外的端门前集合，朝北而立。拓跋绍隔着宫门，忐忑地对百官问道：“我有叔父，也有兄长，各位公卿想要拥护谁呢？”
外头的王公大臣们一听这话，不禁愕然，半晌没人敢说一句话。南平公长孙嵩反应稍快，回答道：“我等愿意拥护王爷殿下。”
大家这才如梦初醒，明白皇上已经驾崩了，但又不明详情，一个个站在底下装哑巴。只有拓跋仪的弟弟、阴平公拓跋烈痛哭着离去。消息传出平城，太子又生死未卜，朝野上下人心惶惶、各怀异志，贺兰部的肥如侯贺护在安阳城北举起烽火，本部人马都前往集结，北魏其他各部也各自屯兵，眼看着一场内乱就要爆发。
拓跋绍听说人情不安，心中害怕，便搬出大量的布帛赏赐给王公大臣们，希望得到有力的支持。在民间隐姓埋名多时的拓跋嗣得知宫中有变，悄悄从外面赶了回来，暗中观察宫内宫外的动静。
拓跋嗣不敢轻易暴露身份，他白天隐匿在山中，晚上就住到贴身侍卫王洛儿的家里。王洛儿有个邻居，名叫李道，暗中也帮助王洛儿服侍拓跋嗣，到了早上就把他送回山中。李道是个热心人，保密的意识却很不够。过了那么一段时间，附近的老百姓听说了这件事，知道拓跋嗣没死，都高兴地奔走相告，消息不慎传到了拓跋绍耳中。拓跋绍自作乱以来，最担心的就是自己的兄长回来跟他算总账，当即派人收捕李道，并斩首；然后又在民间征募知情人，寻觅拓跋嗣下落，一旦找到，就要将他杀死。
拓跋绍掌控了朝中的大权，却不能左右人心向背，拥太子派终究占了上风。王洛儿为拓跋嗣跑腿，潜入平城，暗中向大臣们通报情况，并与安远将军安同等人联络，秘密做好了安排。一切就绪，拓跋嗣带着随从向平城进发，刚来到城西，便有快马来报：拓跋绍已被身边的卫士拿下，听候处理。拓跋嗣此人虽说温和仁厚，对付自己的政敌可是毫不含糊，何况是弑杀父皇的首恶。他下一道命令，将拓跋绍、其母贺氏以及十来名随从幕僚一并处死。
北魏天赐六年（公元409年），拓跋嗣即皇帝位，大赦天下，改元永兴，重整朝纲，任用贤能，是为魏明元帝。他是北魏前期的三位君主中承上启下的一位，父亲拓跋珪是创业，儿子拓跋焘是图霸，他本人呢，就是两者之间的守成之君，光芒或许被其他两位盖过，但其所起的作用是不可低估的。
新登基的拓跋嗣继续执行拓跋珪的政策，他在平城等地建起大量房屋，并将塞外的鲜卑人及其他胡人内迁到关东地区。这是一项强制性的官方移民政策，目的是恢复与发展久经破坏的中原地区，遇到的阻力却恰与其深远的意义成正比。当时的官员不会去体谅老百姓对于故土的依恋之情，更不懂得组织“居委会”去做思想工作，在执行政策过程中多半是采取硬性逼迫的手段，造成了一些地方民众的反感。部分流氓无赖乘机煽动情绪，许多年轻人逃亡集结在外，不少郡县都出现了有组织的土匪或强盗。
拓跋嗣面对民患十分头疼，又不想大动干戈地镇压，就与公卿们商量：“朕本来是要为民除害，可惜让那些官员坏了事儿，以至于乱事频起。如今违犯的人多了，不可能把他们都抓起来杀了。我的意思是通过大赦安抚，你们觉得怎么样呢？”
元城人侯屈说：“民众逃亡做强盗，这是大罪，如今不给他们定罪就把他们赦免，乃是‘为上者反求于下’（即本末倒置，不是执行政策的人的行为），恐怕不妥。依臣所见，不如诛杀首恶，赦免馀党，此举足可安定天下。”
清河人崔宏（这位又是清河崔氏一族，后来鼎鼎有名的北魏汉臣崔浩正是他的长子）则说：“圣明的君主统领民众，目的便在于安定团结，而不是跟民众去较量胜负。赦免罪行虽不是正招，但却便于执行。侯屈的意思是先诛后赦，还不如一招赦免全部搞定为好！如果有人赦免了之后还不老实，到时再杀也不为晚。”
拓跋嗣赞同崔宏的建议，依计执行，果然许多人就不再为乱，对于继续作乱搞破坏的少数人，拓跋嗣就不再手软，派将军于栗磾领兵一万前去平定，很快解决了不安定的因素。
北魏一面进行内部迁徙，达到合理的资源分配，另一面打击入侵的柔然骑兵，“净化”外部环境。
柔然的部落首领社仑（柔然的首领本姓郁久闾，所以社仑的全名就是郁久闾社仑，这个词来自鲜卑语“木骨闾”，意为头秃，这可能源自北方鲜卑人不留发的习俗。北魏被南方史书称为“索虏”或“索头虏”，其本意也是指类似的习俗：拓跋部的族人往往把头发剃光，头上只留一个小辫，称为索头，“索虏”就是索头的胡虏。东胡的这种习俗一直沿用到后来的清代）本是归附拓跋珪的塞北部落缊纥提之子。拓跋珪将缊纥提的部众分配到其他各个部落中，强行迁徙，这一政策引起了缊纥提诸子的强烈不满。社仑与他的兄弟率部弃父出走，逃入大漠，几经辗转，投奔了伯父匹候跋的部落。
匹候跋与缊纥提是亲兄弟，但早就分成了两个大部落，彼此并不信任。他将社仑等人安置在部落南面边远之处，并派自己的四个儿子严加监视。社仑不甘为人下，设计杀了匹候跋与他的几个儿子，兼并了匹候跋统领的部落，然后深入漠北。
当时拓跋珪在南面忙着与后燕、后秦交战，无暇北顾。社仑乘机四面出击，声势渐盛，终于在北魏天兴五年（公元402年）统一了整个漠北地区，并自称“丘豆伐可汗”（“丘豆伐可汗”这个词，在鲜卑语里相当于“开国君主”的意思），成为柔然汗国的第一任君主。
柔然建国，对北魏的北部边疆形成了巨大的威胁，从此两国在辽阔的漠北展开了长达一个多世纪的角力。社仑借着拓跋珪被弑、北魏人心不安的机会，攻入塞内，抢掠了大量人口与牲畜。拓跋嗣稳定了局势，自然发动报复性反击。永兴二年（公元410年），他派长孙嵩率领大军北伐，大破柔然骑兵，杀得社仑远遁漠北，死在途中。社仑的儿子度拔尚幼，部族中的长辈决定拥立社仑的弟弟斛律，即柔然的第二任君主“蔼苦盖可汗”（鲜卑语“姿质美好”之意）。斛律意识到北魏新主登基以后政局已经稳定，一时半会儿不能找北魏的麻烦，便于次年派人与拓跋嗣修好。
拓跋嗣欣然接受了柔然的降书，北边暂时平定了下来，他终于可以转过头来虎视中原了。在没有统一北方之前，北魏对付柔然的军事行动，就是为解决后顾之忧而服务的。在北魏统治者眼中，柔然这样的没有固定领土的国家是很难在短时间内消灭的，只要周期性地保持进攻态势，就不会成为更大的忧患；他们考虑更多的，是如何消灭割据中原的诸小国。拓跋嗣这才发现，北魏发生内忧外患的这几年中，南方的东晋发生了不小的变化：刘裕在掌握了大权之后，很快就北上攻灭了小国南燕，尽杀慕容鲜卑一族，震惊了相互搅和了多年的北方各国。这些胡人已经有很多年没有碰到过如此让他们惧怕的强势的南方人了。